몽고아문은 후금-청나라가 자신들에게 항복하고 세력권에 합류한 외번 몽골 세력을 통제하기 위해 설치한 기구이다.
20세기 사학권에서는 몽고 아문의 설치시기가 청사고 직관지 이번원조에 따라 1636년 후금이 청나라로 개칭하고
홍타이지가 황제의 자리에 오른 뒤에 설립이 된 것으로 보았다.
그러나 최근 다른 연구 결과도 나온다. 홍타이지가 황제가 되기 전, 즉 후금 시절인 1634년에 몽고아문이 이미 설치되었다는 주장이다.
내국사원당과 청태종실록에서 이미 1634년경 몽고아문이 언급되었기 때문이다.
그러나 그럼에도 불구하고 반박주장이 존재하여(예컨대 기구가 설치되지 않았더라도 후대첨삭으로 덧붙여진 것이라던지) 아직 어떤 것이 확실하다고 할 수 없는 것 같다.
1634년에 설립되었건, 1636년에 설립되었건, 몽고아문은 1638년 이번원으로 개칭되었으며 이전에 비하여 역할이 더욱 확대되었다.