이후 진행은 레일로드 때와 같습니다. 구 인스티튜트 통로를 통해서 내려갑니다.
신스들의 저항을 물리치면서 중앙 광장까지 나갑니다.
엘더 맥슨과 브라더후드 단원들의 지원도 따라오네요.
중앙 광장까지 정리하고 나면
잉그램:팔라딘, 반응로를 찾았어. 고등 기술 시스템 부서를 통해서 들어갈 수 있지만.. 막혀있지.
잉그램:보안 해제는 국장의 터미널에서만 가능한 모양이야. 그의 방으로 가.
레일로드 때와 같이 션의 사무실까지 가면
션:당신을 다시 볼 거라고 생각하진 않았습니다.
션:반응로를 찾고 있겠지요? 당신없이 만들었죠.
○선택
주인공:반응로를 폭파시키러 왔다. 인스티튜트의 명맥은 여기서 끊길거다.
션:적어도 더 이상 숨길 건 없어 보이네요.
션:저는 여기 이렇게 누워서 죽어가고 있는데.. 어머닌 제 모든 걸 무너뜨리려고 오셨습니까?
션:말씀해보세요. 도대체 어떤 고귀한 이상을 위해서 이런 일을 벌이셨습니까?
○선택
주인공:그냥 이곳이 불타는 모습이 보고 싶었다.
션:내 핏줄속에 당신같은 사람이 있었다니...
션:뭐 이제 와선 아무런 의미도 없지만요. 어머니는 어머니의 일을 끝내시면 됩니다. 그리고 인류 최선의 희망은 사라지겠죠.
션:다만 유일하게 궁금한 점은 왜 굳이 당신이 이 자리에 있냐는 겁니다. 후회입니까?.. 아니면 그냥 조롱이나 하러 오셨습니까?
○선택
주인공:그냥 마지막으로 네 모습을 감상하고 싶었을 뿐이다... 너와 네 왕국이 무너지기 직전에 말야.
션:당장 여기서 꺼져요.
다시 한 번 말을 걸면
션:어머니가 인류를 멸망시켰어요... 알고는 있으십니까?
션:더 이상 할 말은 없습니다.
○선택
주인공:지옥에서 보자꾸나.
션:커먼웰스의 운명이 다할 때 쯤에 볼 수 있겠군요.
션의 왼쪽 책상 위의 컴퓨터로 들어가겠습니다.
예전과 같습니다. 첫 번째 항목은 탈출 경보를 울려서 교전중인 과학자들을 도망치게 만들고 두 번째 항목은 반응로의 입구를 열어줍니다. 세 번째 항목은 션이 코드를 안 줬으니 못 선택하고요.
잉그램:잘했어, 팔라딘. 반응로로 통하는 길이 뜷린 것 같아.
잉그램:증원군을 그쪽으로 보내게 되서 기분이 좋은 걸.
반응로로 가겠습니다. 중간의 모든 저항을 뜷고요.
폭탄을 장착하면
맥슨:남은 일은 시간내에 탈출하는 것 뿐이다.
맥슨:잉그램 감독관, 들리나? 작전에 성공했다. 즉시 여기서 텔레포트 시켜주기 바란다.
텔레포트 되면
맥슨:임무는 다 끝났다. 잉그램 감독관. 이제 텔레포트로 밖으로 나가지.
잉그램:그러고 싶지만... 이 아이가 갑자기 나타났습니다. 
잉그램:자기가 팔라딘의 자식이라고 주장하는 것 같습니다만.
신스 션:제발, 엄마! 날 두고 가지 마요. 같이 가요!
○선택
주인공:가긴 어딜 가겠다는 거냐. 넌 내 아들이 아니다.
션:하지만 이렇게 두고 가실 순 없어요! 전 죽고 싶지 않다고요!
션:제발 다시 한 번만 생각해줘요.
△선택
주인공:내가 뭐하러? 어차피 나 하나 살기에도 바쁜 마당인데.
션:저는 제가 돌볼께요. 단지 여기서만 빼내주세요.
션:책임지실 건 아무것도 없어요. 저는 제 자신이 챙길테니 그냥 여기 두고 가지만 말아줘요!
○선택
주인공:너는 로봇이지, 션이 아니다. 그렇게 보일 뿐이지.
션:절 여기 내버리고 가실 건가요? 믿기지가 않아요. 당신을 증오해요!
잉그램에게 말을 걸면
주인공:좋아, 잉그램. 날려버리자.
잉그램:잠깐만. 너 저 아이 여기 그대로 두고 떠날거야? 자식이라잖아!
X선택
주인공:쟨 신스야, 잉그램. 진짜 내 아들이 아니라고.
잉그램:장난하는 거 아니지? 이젠 인스티튜트가 아이 신스도 찍어내고 그래?
잉그램:말문이 턱 막혀버리네... 얘네는 진짜 천벌받아 싸다. 
잉그램:그럼 나갈 준비는 다 된거지?
X선택
주인공:물론이지. 당장 나가자.
잉그램:좋았어, 팔라딘.
잉그램:원격 폭파 시킬 수 있는 곳으로 널 보낸다음 나머지 부대원들도 프리드웬으로 안전하게 전송시킬께.
잉그램:반응로가 터지면 여기는 잿더미 가득한 큰 구덩이가 될 거야. 멀찍이 떨어져야겠지.
잉그램:이곳에서의 임무는 끝났어, 팔라딘.
분자 전송기 안으로 들어가면
텔레포트 되고
역시나 매스 퓨전 옥상이네요.
맥슨:기폭 장치를 준비시켰다.
맥슨:잉그램 감독관이 이곳까지 멀어지면 피해 반경에서 안전하다는군.
맥슨:커먼웰스의 평화와 안녕을 위해서 버튼을 누르고 우리의 적들을 격퇴하라.
맥슨:마침내 증오스런 인스티튜트와 그들의 신스들을 근절 시키는거다.
오른쪽의 브라더후드 기사단장에게 말을 걸면
기사단장:인스티튜트의 폭정이 종국을 맞는군.
왼쪽의 기사단장에게 말을 걸면
기사단장:커먼웰스를 해방시키는 것은 큰 책임이 따르겠지만 우린 잘 해낼거야.
버튼을 누르면
예전처럼 CIT 건물 일대가 다 날아가고 엔딩 영상이 흘러나옵니다. 엔딩 영상 자체는 전 분기가 똑같습니다.
맥슨에게 말을 걸면
맥슨:훌륭하다, 팔라딘. 우리의 사명을 위한 자네의 충성심이 없었다면 오늘의 승리는 없었을지도 모르겠어. 
X선택
주인공:커먼웰스의 사람들을 위한 일입니다. 
맥슨:우리의 동지가 됬군, 자매여. 
맥슨:인스티튜트는 이제 세상에서 완전히 사라졌네. 
맥슨:커먼웰스의 새로운 시대를 열어야겠지. 
X선택
주인공:그럴 겁니다.
맥슨:브라더후드에 대한 자네의 헌신을 보답하고 싶다.
맥슨:하지만 지금 여기서는 조금 곤란하군. 
맥슨:프리드웬으로 돌아가서 결정하도록 하지.
프리드웬으로 돌아가겠습니다.
맨 처음 발렌타인에게 시비를 걸던 기사에게 가면
기사:큰 일을 해냈네, 팔라딘. 승리를 향하여!
함교에 있는 맥슨에게 가면
맥슨:돌아와서 기쁘군, 팔라딘. 켈스 함장과 내가 하고싶은 말이 있었네. 
맥슨:켈스 함장. 
켈스:엘더 맥슨께서 말씀하신대로, 인스티튜트의 파괴는 앞으로 커먼웰스에서 활동하게 될 우리의 첫 임무일 뿐이다.
미닛맨 루트로 가고싶었는데 브라더후드도 나쁘지않더군요