도쿄 서부에 위치한 거대한 「학원도시」.
총 인구는 230만 명에 달하며 그 80% 정도를 학생이 차지하는 이 도시에서는 초능력 개발을 위한 특수 교육 과정이 실시되며
학생들의 능력은 「무능력」에서 「초능력」까지 여섯 단계로 평가되고 있었다.
어떤 고등학생 카미조 토우마도 학원도시에 사는 학생 중 한 명.
그는 자신의 오른손에 깃든 힘, 이능의 힘이라면 신의 가호마저 지워버리는 「환상살」로 인해
낙제 직전의 「무능력」의 평가를 받아 불행 전속력으로 인생을 보내고 있었다.
그런 카미조의 학생 생활은 여름방학이 시작되자마자 하늘에서 내려온 순백의 수녀에 따라 크게 바뀌어버린다.
「마술」의 세계에서 도망쳐왔다는 그녀, 「금서목록」과의 만남을 기점으로, 다양한 사건에서 말려 들어가는 카미조.
학원도시가 총괄하는 「과학」 사이드. 인덱스로 이어지는 「마술」 사이드.
쌍방의 사건을 줄타기를 하듯 해결해나가다 보면, 조금씩 인맥의 범위를 넓혀나가게 된다.
그리고 마침내 마술 사이드, 십자교 최대 교단인 로마 정교가 카미조의 존재에 눈을 돌리게 된다.
마술 사이드에 호응하듯이, 과학 사이드의 학원도시도 움직인다.
그러나 갑자기 대립을 보이기 시작한 세계의 움직임에 대항하며 일어선 자들이 있었다.
카미조와 관계된 것으로, 크게 운명을 바꾼 「히어로」들.
그들 또한 몸을 내던져 세계와 대치한다. 카미조 토우마가 그렇게 해왔던 것처럼.