잘 나가는 고교생 명탐정 쿠도 신이치는 소꿉친구 모리 란과 트로피컬 랜드로 놀러왔다가 수상한 거래현장[4]을 목격한다. 이후 같이 온 란까지 먼저 가라고 등떠밀고 몰래 숨어서 현장을 지켜보는데 정신이 팔린 나머지 등뒤에서 다가오는 진의 존재를 눈치채지 못하고 그가 휘두른 곤봉에 머리를 맞고 쓰러진다. 이후 남자는 의식을 잃어가는 신이치의 입안에 정체모를 알약[5]을 넣고는 사라져 버린다.
놀이공원을 순찰다니던 경비원들에게 발견되어 깨어난 신이치는 그들이 자길 '꼬마'라고 부르자 황당했고 입고있던 옷이 헐렁해진걸 보고서는 더욱 당황한다. 그러다 결국 자신이 고등학생 의식을 가진채 몸만 어린아이로 변했다는걸 알게됐고 자신의 집에 가 해결책을 찾으려고 했지만 키가 작아진 탓에 문을 여는 일도 힘든 상황. 다급히 평소 친하게 지내던 아가사 박사를 데려와 도움을 요청한다.,